顾大章移送刑部后,重新开审,但并不能替他带来昭雪的机会。刑部尚书李养正,就镇抚司的原案,将已死的五烈和顾大章都判成死罪;魏忠贤则根据刑部的判决,矫诏布告四方,杨涟等人的死变成“罪有应得”顾大章则仍移镇抚司,他不肯再回此“秘狱”与他孪生的弟弟大韶诀别,饮药酒不死,投缳而卒。
当杨涟等被捕时,镇抚司监狱忽现祥瑞,生黄芝一朵,光彩辉映,等他们六个人入狱,黄芝亦正好生成六瓣。芝为瑞物,而生于暗无天日的“秘狱”顾大章认为这是他们六个人终将不免的征兆,结果不幸而言中。
人死官司没有完,魏忠贤令地方官在各人原籍“追赃”杨涟家产入官,不到一千两银子,母亲和妻子无处容身,住在鼓楼上,两个儿子沦为乞儿,而“赃”犹不能不完,由地方上募捐代纳“下至卖菜佣亦为输助”
左光斗家属的境遇亦很惨,长兄光霁被累,忧急而死;老母哭子,不久亦弃世;仆从十四人被逮。后来由于孙奇逢在京师募捐代缴,左光斗的灵柩,始得运回桐城。
魏大中有两个儿子,长子学洢是个秀才,当魏大中在家乡浙江嘉善被捕时,魏学洢就要跟着父亲一起入狱,魏大中不许,认为“父子俱碎无为也”于是魏学洢易装秘密随行,暗中留心父亲的起居。到了京城里,阉党为防忠义之士有所活动,搜查极严,魏学洢化名住在旅馆里,昼伏夜出,四处告贷,为父“完赃”及至魏大中被害,魏学洢扶柩还乡,晨夕号哭,以致神经有些失常,结果竟致哭死。
至于汪文言,早在杨涟等被捕之先就已死于狱中。此人是一条硬汉,至死不肯诬攀杨涟等。明史叙此案还有段微近因果报应之说的文字,赘于魏大中传后,不可不读:
始,熊廷弼论死久,帝以孙承宗请,有诏待以不死。刑部尚书乔允升等遂欲因朝审宽其罪,大中力持不可。及忠贤杀大中,乃坐以纳廷弼贿云。
此有微责魏大中过苛之意,衡情度法,熊廷弼的死是有点冤枉的。